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En 1789, Victor Henri de Murat est seigneur de Martignat et Aimé de Toquet est seigneur de l’Isle.

Depuis la fin XIIIe siècle, par suite de la poussée démographique, la commune loue des parcelles de terre arable prises dans les communaux (terrains sans actes de propriété privée donc communs aux habitants). Il se met en place un système de mise en culture du tiers des communaux, selon une rotation triennale et avec redistribution périodique des terres. Les forêts d’épicéas et de hêtres constituent une source de revenus appréciable.
Progressivement, grâce aux communications et aux conditions générales de l’agriculture, l’élevage s’est amélioré, la fruitière (coopérative fromagère) est créée. En même temps se produit un renouveau industriel, le tissage de la soie a gagné Martignat. L’influence d’Oyonnax a amené la tournerie, la tabletterie, la fabrication des peignes.

De nos jours, l’agriculture a disparu et Martignat est devenu un village essentiellement tourné vers l’industrie de transformation des matières plastiques.

Les habitants de MARTIGNAT appelés "Les Martignanais" ont pour surnom "Les Chats", en voici la légende.

D'après T. OGIER, auteur de "La France par Cantons", l'étymologie de la Commune de MARTIGNAT dériverait de nom d'homme et se traduirait par "Maison de Martin".

Pour illustrer le Martignat d'autrefois, voici la plus ancienne photographie recensée de notre village. Elle a été réalisée en 1885 par M.MORELON, instituteur.

En 1601, Martignat entre dans le cadre administratif de la monarchie Française : Intendance de Bourgogne, Bailliage de Belley, Mandement de Montréal. Les deux seigneuries subsistent.
Le château, l’église, le village et l’Isle souffrent des pillages au cours de la Guerre de Trente Ans. En effet, du 3 au 17 février 1637, le site de Martignat est le théâtre d’une bataille qui oppose un régiment du roi de France aux Forces Comtoises. Plus de 3 000 fantassins et cavaliers s’affrontent sur le champs de bataille.

Dans la déclaration prescrite par Bouchu en 1668, la paroisse de Martignat est dite " Mère église de Groissiat et d’Aspremont ". Elle a un hameau : Evron, une maison forte : l’Isle appartenant au seigneur de Montgefont. La juridiction, le château, et la majeure partie des droits seigneuriaux appartiennent au seigneur de Montferrand. Les habitants jouissent de concessions forestières accordées par les seigneurs au Moyen Âge.

Au XVIIe siècle, la congrégation des Joséphistes, fondée par Jacques Crétenet choisit le village de Martignat en Bugey pour lancer sa mission d'instruction des campagnes. C'est un succès et par la suite, Crétenet enverra des prêtres en mission en Bugey, Bresse, Dauphiné, Comté et Vivarais.

En l'an 855, l’empereur d’Occident Lothaire concède la paroisse de Martignat aux religieux de St Oyen (St Claude).

En 1164, Evrard de Martignat possède ce fief sous la suzeraineté du Comte de Bourgogne.

En 1250, le fief entre dans le domaine des sires de Thoire. Il le restera jusqu'en 1402 où Humbert VII vend ses possessions du Bugey à Amé VIII, Comte de Savoie. Cette terre fut inféodée à Louis de Bussy le Blanc puis à la famille de Mataflon. Elle fut léguée en 1508 à la famille de Montfalcon qui en jouit jusqu’au mariage de Adrienne de Montfalcon avec Jean-Claude de Clermont, seigneur de Mont St Jean.   

Humbert IV inféode en 1280 une partie du fief à Guillaume de L’Isle. C’est le début de la deuxième seigneurie de Martignat. Ses descendants firent construire une maison forte à l’ouest près du pont sur la rivière l’Ange. Ce fief resta propriété de la famille de L’Isle jusqu'en 1430 puis passa successivement à Guillaume de Fétans, au seigneur de Dortan, aux seigneurs de Pélagey, puis à Guillaume de la Baume, seigneur d’Irlains. En 1467, Philibert du Breuil, comte de Corlier en est propriétaire.

Histoire de Martignat